中藥超微粉碎機是以打破中藥材細胞為目的的細胞破壁粉碎設備。細胞破壁后，破壁細胞中的內溶物可直接接觸溶媒，其有效成份可以直接進入溶媒被人體吸收；藥物起效時間會明顯縮短，對人體的作用強度更高，吸收量會增加，作用也就更明顯。那么該設備具體應如何操作呢？
　　1、使用設備之前，應先關閉電源開關。(正式粉碎之前可以先用大米進行試磨，以達到清潔粉碎倉、去除油漬的目的)
　　2、打開上蓋（順時針關，逆時針開）。
　　3、把干燥藥物放入粉碎腔內。
　　（1）粉碎普通五谷雜糧時，建議按照“短時多次”的原則，開粉10秒鐘后關機一次，停頓5秒，再開機粉碎10秒，反復粉碎2-3次，即可完成。如：大米、黃豆、小米、黑米、玉米等，另外魚飼料、狗糧、鳥食等相同。
　　（2）粉碎帶纖維類材料時，因這類型材料本身是纖維結構，無法粉碎成粉，通常粉碎后成絮狀，這與材料自身的結構有關。建議粉碎該類材料時，進行間隔粉碎，每10秒間隔一次。如：鐵皮楓斗、靈芝等。
　　（3）粉碎帶油脂類材料時，應進行間隔粉碎，每粉10秒停頓一次（約5秒左右），查看粉碎效果，到滿意為止，連續粉碎時中藥超微粉碎機會發熱，容易糊掉，效果不好。如：芝麻、花生、核桃、胡麻、亞麻、葵花等。
　　（4）粉碎調味料時，一般20秒即可完成粉碎，切勿時間過長。如：辣椒、花椒、茴香、大料、胡椒等。
　　（5）粉碎普通中藥材時，建議粉碎時間為40-60秒。如：人參、黃芪、天麻、知母等。
　　（6）粉碎超硬材料時，可先將材料敲成小塊，然后再進行粉碎，粉碎時每1分鐘停頓一次（約10秒），2-3分鐘后即可完成粉碎。如：珍珠、龜殼/板凳、田七、三七等。
　　4、將上蓋關緊。
　　5、插上電源，打開機器開關。
　　6、當滾動的聲音比較均勻時，說明藥物已粉碎成粉，即可關機。
　　7、打開上蓋，倒出粉末。(倒粉末前，請先關閉中藥超微粉碎機)。